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Comment améliorer la qualité de la synthèse d'oligonucléotides?

Temps de mise à jour : 2020-12-23

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Comment améliorer la qualité de la synthèse d'oligonucléotides?
La synthèse d'oligonucléotides traditionnelle est généralement appelée synthèse sur colonne, basée sur une méthode de synthèse chimique au phosphoramidite en quatre étapes, dans laquelle la synthèse d'oligonucléotides est effectuée sur une phase solide, et est toujours utilisée par la plupart des sociétés commerciales de synthèse d'ADN.



À l'heure actuelle, le synthétiseur d'ADN entièrement automatisé basé sur la méthode de synthèse de phosphoramidite peut augmenter le débit d'une synthèse unique de une à 1536 séquences. Le coût de la synthèse d'oligonucléotides par la méthode au phosphoramidite diminue également progressivement.

La synthèse en colonne synthétise généralement des oligonucléotides sur une échelle de 10 à 1000 nmol, et le coût par base se situe entre 0,05 USD et 0,17 USD. Ces oligonucléotides peuvent généralement synthétiser jusqu'à 100 nt, avec un taux d'erreur de 0,5% ou moins, et l'efficacité de couplage de chaque monomère est généralement jusqu'à 99%.

Oligonucleotide synthesis


Cependant, à mesure que la longueur de l'oligonucléotide augmente, le rendement de l'oligonucléotide de pleine longueur diminue habituellement. De plus, la dépurination aléatoire des oligomères synthétiques affectera le rendement des oligonucléotides de pleine longueur, en particulier dans l'étape de déprotection acide du cycle de synthèse, l'adénine est susceptible de dépurination et favorise finalement le squelette de l'oligonucléotide. Fragment, réduisant ainsi le rendement des oligonucléotides de pleine longueur.



La diminution supplémentaire de la qualité de la synthèse d'oligonucléotides est due à l'introduction de mutations aléatoires au cours du processus de synthèse, principalement des types de délétion à base unique. Ces erreurs proviennent principalement de l'élimination incomplète du groupe protecteur DMT ou de la faible efficacité globale des étapes de couplage et de coiffage dans le cycle de synthèse.

Il est impossible d'éliminer complètement les erreurs synthétiques, car l'efficacité de toute réaction chimique ne peut pas atteindre 100%. Cependant, des améliorations du processus de synthèse peuvent encore augmenter la durée et la qualité de la synthèse d'oligonucléotides.



Les principaux fournisseurs actuels de synthèse d'ADN sont généralement basés sur des oligonucléotides synthétiques à base de colonnes. Du fait que l'oligonucléotide de type colonne a une composition unique, un rendement élevé et un faible taux d'erreur, il est plus facile à assembler pour la synthèse de gène et a une fidélité plus élevée, ce qui réduit considérablement la difficulté de fonctionnement et le coût de la correction d'erreur.



Le service de synthèse d'oligonucléotides à haut débit fourni par Generalbiosystems réduit considérablement la difficulté et le coût de la synthèse sur le plan technique, et peut accepter les exigences de synthèse d'oligonucléotides personnalisées, avec un rendement de synthèse plus élevé, un faible taux d'erreur et un délai de livraison plus court. .